赵率教派骑兵把消息送出城外。朱敛接到禀报，马上命曹文诏绕过南城，直取大同江渡口。郑芝龙的浅水战船也从入海口逆流而上，准备堵住粮船退路。
北城粮仓外面的战斗已经打响。守军把粮袋堆成矮墙，用火枪封住街口。赵率教调来两门轻炮，只装少量霰弹，对准粮墙两侧开火。第三师盾手借机推进，将守军逼回仓院。
后金军官见退路被截，放火点燃外层粮袋。工兵推倒院墙，从侧面引水入院。朝鲜百姓也提着木桶赶来，靠近火场的粮食被拖到空地，烧着的粮袋则被铁钩扯进水沟。
守卫粮仓的两千余名后金兵退进军营，抵抗持续了一个多时辰。赵率教没有让士兵强攻院门，只用火枪封住墙头。军营里的朝鲜兵先撑不住，打开后门向明军缴械，八旗兵随后被分割在几处屋舍。
南城火势也被压了下去。第三师拆掉数十间连在一起的木棚，隔开燃烧房屋。城中水井重新有人提水，几条主要街道也清出了通路。
大同江渡口仍在交战。曹文诏赶到北岸时，多尔衮已有半数人马登船。后金士兵把粮车推入道路，借此阻挡骑兵，岸边还埋着成排铁蒺藜。
曹文诏没有让骑兵直冲码头。他带人绕到上游，抢下两处高坡，再让火枪手从侧面压住船队。后金留下的白甲兵赶来争夺高坡，被明军骑兵堵在河岸低地。
郑芝龙的浅水战船也在下游出现。多尔衮命人放出十余条火船，船舱里装满火油和干草。水师被迫向两边避让，江面通道因此空出了一段。
多尔衮乘坐的粮船趁机驶向南岸，身边还有三十多条船护卫。曹文诏抢到码头时，最后一批白甲兵正在登船。他领骑兵冲进人群，夺下七条粮船，后金守军则点燃了堆在栈桥下的火药。
火药爆燃掀翻半座码头，几条靠岸粮船撞在一起。曹文诏被亲兵拖离栈桥，右腿仍被木片划开一条长口。等烟尘散去，多尔衮的船队已经靠上南岸。
浅水战船追过江心，南岸后金弓手用火箭封住河面。多尔衮舍弃大半粮船，领着六千余人沿平壤通往汉城的官道撤走。负责断后的两千八旗兵没能过河，全部被曹文诏堵在北岸。
天亮以后，大明军旗升上平壤四门。城中四处火场均被控制，北城获救百姓超过三万人。粮仓烧掉约有三成，军械库和西门火药窖全部保住。
朱敛进入平壤府衙时，赵率教刚把伤亡文册送来。第三师此战折损五百余人，水师损失三条浅水船，曹文诏也被抬去处理腿伤。
郑芝龙派来的快船随后靠上大同江码头。送信军官顾不上换掉湿衣，便将一封水师急报摊在府衙桌面。
“皇上，两百余艘倭船悬挂朝鲜旗号，从海州方向向北航行。他们已经袭击我军粮船，前锋距离大同江口不足四十里。”
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