克复昆明的消息是八百里加急送到南京的，随之而来的还有马士英的一封长信。
信的内容主要有三个方面。
第一个方面和有沐天波有关。
沐天波同意在平定沙定洲之乱吼将被沙定洲洗劫的黔国公府财富用来犒赏有功将士，同时还自愿捐出黔国公府在云南各地所拥有的良田五十万亩，庄园八百六十处，以助朝廷。
信中盛赞沐天波为人忠义，识大体。
但同时，马士英又写了。
经他派人秘密探访，黔国公在云南，至少拥有土地一百八十万亩，约占整个云南可耕土地的一半以上。
而其所拥有庄田更是高达一千八百多处，遍布云南一百二十余个州府。
信中没有明说，但言明这些土地所产之粮足可供养数十万士卒。
朱由哲为此特意让户部查了文档，历代大明皇帝赏赐给黔国公府的土地加起来也就十三万五千亩，其他的如何而来不言自明。
第二方面内容是马士英平定沙定洲的计划。
马士英打算借用土司的力量平定沙定洲，从而尽量保全朝廷派入云南的大军，为此不惜用重金作为赏赐。
另外，马士英希望朝廷派出使者对石屏土司龙在田、姚安州土司高泰翟、丽江土司木懿进行封赏。
信中，马士英言明了自己的理由。
石屏土司龙在田有忠义之心，且主动出兵参与平叛，协助沐天泽稳住滇西局势，对朝廷有大功。
对其褒奖，重赏，彰其忠义，可树立典型，利于朝廷后续平叛及将来之大业。
姚安州土司高泰翟在族内推行汉化，是朝廷将来推动的方向，也是将云南彻底置于朝廷直接统治之下的必要一环。
丽江木懿是一个首鼠两端的小人，对朝廷毫无忠心可言。
但丽江木府是太祖时期便树立的忠义典型，轻易动他，不仅会使其他土司心寒，更损朝廷威仪。
马士英的建议是给其机会。
若在朝廷收复昆明后，木懿主动前来请罪，则对其既往不咎，并重新加以信用。
反之，则请求朝廷削其爵位，罢其官职，给予自己平叛之权。
马士英向朝廷保证，半年之内，必扫其穴，灭其族。
在信中，马士英还特意提到，朝廷短时间内不可能彻底解决云南土司问题。短时间内，可尽量扩大三人势力，对其着重栽培，将土司与朝廷之间的问题转化为土司之间的问题。
第三方面内容则比较杂。