矛盾暴露出来之后，科联的领土再次阴谋横行，文明社会的气息渐渐消散，取而代之的是人类文明崩溃之后的残渣，‘废土’。
不仅如此……
公元2096年3月17日，遭受连番重创的科联突然再次发生政变。
原议长、现总统被科联的几大创始者家族联手推翻，其势力遭到清洗，最有利的支持者莫雷拉家族带着一支残军不知去向。
紧接着，科联向GDI宣战。
异形对科联的侵袭，自此之后，便忽然结束了。
然后，战场上出现了新的异形。
以镰爪兽和恐暴龙为原型，加装了防弹钢板和重火力武器的改造异形，以军队的形式出现在前线。
科联的空中部队也出现在战场上，威胁着GDI的空中安全。
而在2096年4月初，南粤省北部，一枚大当量核弹在GDI的地面战斗群上空被引爆，宣告了科联在文明层面的彻底崩溃。
那时的天空，多了一枚短暂的太阳。
接近一个地级市的土地化作焦土，GDI在当地建设的庇护所里收拢的近两万名幸存者全部死亡。
在核威胁下，GDI对南方的地面进攻被迫停滞，转为构建地面防御和防空系统。
自那之后，科联的民间流言四起，就连异形背后的‘尊主’的存在，也成了其中的一部分。
有一则广为流传的说法是这样的。
据说，为了永久的生存、永远的奢侈……为了讨好他们的主人，获取到主人的恩赐，几大创始者家族力排众议，向抛弃了的同胞投下了核弹，借机干掉了GDI的百万大军，有力地阻止了GDI的进攻。
被那枚核弹报销了大量部队，是板上钉钉的事实，流入科联黑市的诸多先进工业零件证明了这一点。
近两万名幸存者的死亡，则被科联当局斥作谣言，不仅新任总统亲自出面辟谣，传播谣言的人更是一旦被发现，就会立刻遭到逮捕。
但是，根据‘只有官方否认的才可信’这一民间政治定律，反而有越来越多的人相信，科联的高层、那些高高在上的创始者家族，的确是不做人了。
科联沦为异形走狗成了板上钉钉的事实，新的领导阶层完全不被民众信任，即使他们宣称自己为科联人民带来了和平。
但这的的确确给GDI造成了大量麻烦。
科联境内有大量平民，无法采用无差别轰炸的方式破坏改造异形的产线和产能。
科联人民辛辛苦苦建设了几十年的强大工业实力，就这样，因为高层的背叛而沦为异形的囊中物。
由于科联的核武器威胁，一般形式的进攻只是自取灭亡。
自此，战争双方的主力部队，以两粤地区北部的桂州市——韶州市为界，陷入僵持状态。
这种情况，足足持续了近半年时间。
与异形僵持之余，GDI持续向全球扩张，在仍有幸存人类的地区建设庇护所与军事基地，顺便扫平了大量拒绝合作的地方势力。
为了对抗日益壮大的GDI，异形与其背后的存在愈发疯狂，它们放弃了过往的发展方式，开始毫无节制地压榨这颗星球地表上的生物资源，致使蓝星出现大规模的生态退化。
对于脆弱的碳基生物来说，摧毁生态圈才是最强大、最有效的武器。
仅仅两三个月的时间，蓝星地表的脆弱生态便开始出现大规模异常现象。
全球气温升高，干旱程度剧增，台风海啸频发，一些地方开始出现席卷一切的大洪水……
简直就像是——世界末日。
不能适应的动植物接连死去，大片大片的土地沦为鬼蜮，不再适宜人类生存……GDI辖区内的幸存人类，成了GDI最薄弱、需要拼尽全力保护的一环。
面对蛰伏发展了几十年的异形的全面进攻，即使是GDI，也只能勉强保持己方辖区内的自然生态，以避免人类灭绝。
危急存亡的时刻到了，但张文并不感到绝望。
半年的发展时间，对GDI来说，足矣。